Κατά τη διάρκεια του Εμφυλίου πολέμου το Μπενάκειο λειτούργησε ξανά. Το κτίριο ήταν ταλαιπωρημένο, δεν υπήρχαν τα μέσα για επισκευές, αλλά υπήρχε ανάγκη για επιβίωση Οι συσσιτούντες όλο και αυξάνονταν. Σε συνεργασία με το ΠΙΚΠΑ φιλοξένησε τριανταπέντε ορφανά παιδιά από τη Μακεδονία.