Όταν ξέσπασε ο πόλεμος του ΄40, το Μπενάκειο βρέθηκε αντιμέτωπο με μία άλλη πραγματικότητα, το πρόβλημα της επιβίωσης. Τότε, αποφασίστηκε να παρέχει συσσίτιο σε ορφανά, εγκαταλελειμμένα παιδιά και ανθρώπους που είχαν χτυπηθεί από τη μοίρα του πολέμου. Μαζί με τη βοήθεια διαιτολόγου, εθελοντριών του Ερυθρού Σταυρού και των γιατρών της Κηφισιάς φρόντιζαν για τον αγώνα της επιβίωσης χιλιάδων ανθρώπων.